मुझे State मोनैड में चल रहे सिमुलेशन में स्मृति उपयोग और जीसी समय को कम करने के तरीके को समझने में कुछ परेशानी हो रही है। वर्तमान में मुझे स्टैक स्पेस ओवरफ़्लो से बचने के लिए संकलित कोड +RTS -K100M के साथ चलाने के लिए है, और जीसी आंकड़े बहुत भयानक हैं (नीचे देखें)।सिमुलेशन में मेमोरी आवंटन/जीसी को नियंत्रित करना?
यहां कोड के प्रासंगिक स्निपेट हैं। पूरा, काम कर रहा है (जीएचसी 7.4.1) कोड http://hpaste.org/68527 पर पाया जा सकता है।
-- Lone algebraic data type holding the simulation configuration.
data SimConfig = SimConfig {
numDimensions :: !Int -- strict
, numWalkers :: !Int -- strict
, simArray :: IntMap [Double] -- strict spine
, logP :: Seq Double -- strict spine
, logL :: Seq Double -- strict spine
, pairStream :: [(Int, Int)] -- lazy (infinite) list of random vals
, doubleStream :: [Double] -- lazy (infinite) list of random vals
} deriving Show
-- The transition kernel for the simulation.
simKernel :: State SimConfig()
simKernel = do
config <- get
let arr = simArray config
let n = numWalkers config
let d = numDimensions config
let rstm0 = pairStream config
let rstm1 = doubleStream config
let lp = logP config
let ll = logL config
let (a, b) = head rstm0 -- uses random stream
let z0 = head . map affineTransform $ take 1 rstm1 -- uses random stream
where affineTransform a = 0.5 * (a + 1)^2
let proposal = zipWith (+) r1 r2
where r1 = map (*z0) $ fromJust (IntMap.lookup a arr)
r2 = map (*(1-z0)) $ fromJust (IntMap.lookup b arr)
let logA = if val > 0 then 0 else val
where val = logP_proposal + logL_proposal - (lp `index` (a - 1)) - (ll `index` (a - 1)) + ((fromIntegral n - 1) * log z0)
logP_proposal = logPrior proposal
logL_proposal = logLikelihood proposal
let cVal = (rstm1 !! 1) <= exp logA -- uses random stream
let newConfig = SimConfig { simArray = if cVal
then IntMap.update (\_ -> Just proposal) a arr
else arr
, numWalkers = n
, numDimensions = d
, pairStream = drop 1 rstm0
, doubleStream = drop 2 rstm1
, logP = if cVal
then Seq.update (a - 1) (logPrior proposal) lp
else lp
, logL = if cVal
then Seq.update (a - 1) (logLikelihood proposal) ll
else ll
}
put newConfig
main = do
-- (some stuff omitted)
let sim = logL $ (`execState` initConfig) . replicateM 100000 $ simKernel
print sim
ढेर के संदर्भ में, एक प्रोफ़ाइल संकेत है कि System.Random काम करता है, (,) के अलावा, स्मृति अपराधियों रहे हैं लगता है। मैं सीधे एक छवि शामिल नहीं कर सकता, लेकिन आप यहां एक हीप प्रोफाइल देख सकते हैं: http://i.imgur.com/5LKxX.png।
मुझे नहीं पता कि उन चीजों की उपस्थिति को और कैसे कम किया जाए। यादृच्छिक विविधता State मोनैड के बाहर उत्पन्न होती है (प्रत्येक पुनरावृत्ति पर जेनरेटर को विभाजित करने से बचने के लिए), और मेरा मानना है कि के अंदर केवल के अंदर एक ही उदाहरण आलसी सूची (pairStream) से एक जोड़ी को सिमुलेशन कॉन्फ़िगरेशन में शामिल करते समय उत्पन्न होता है।
जीसी सहित आँकड़े,, इस प्रकार हैं:
1,220,911,360 bytes allocated in the heap
787,192,920 bytes copied during GC
186,821,752 bytes maximum residency (10 sample(s))
1,030,400 bytes maximum slop
449 MB total memory in use (0 MB lost due to fragmentation)
Tot time (elapsed) Avg pause Max pause
Gen 0 2159 colls, 0 par 0.80s 0.81s 0.0004s 0.0283s
Gen 1 10 colls, 0 par 0.96s 1.09s 0.1094s 0.4354s
INIT time 0.00s ( 0.00s elapsed)
MUT time 0.95s ( 0.97s elapsed)
GC time 1.76s ( 1.91s elapsed)
EXIT time 0.00s ( 0.00s elapsed)
Total time 2.72s ( 2.88s elapsed)
%GC time 64.9% (66.2% elapsed)
Alloc rate 1,278,074,521 bytes per MUT second
Productivity 35.1% of total user, 33.1% of total elapsed
और फिर, मैं आदेश भी सिमुलेशन चलाने के लिए अधिकतम ढेर आकार तक सामने लाना है। मुझे पता है कि कहीं कहीं बड़ा थंक बिल्डिंग होना चाहिए .. लेकिन मुझे पता नहीं लगा सकता है कि कहां?
मैं इस तरह की समस्या में ढेर/ढेर आवंटन और जीसी को कैसे सुधार सकता हूं? मैं कैसे पहचान सकता हूं कि एक थंक कहां बना सकता है? क्या State मोनैड का उपयोग यहां गुमराह है?
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अद्यतन:
मैं जब -fprof-auto साथ संकलन प्रोफाइलर के उत्पादन से अधिक देखने के लिए उपेक्षित। यहाँ है कि उत्पादन का प्रमुख होता है:
COST CENTRE MODULE no. entries %time %alloc %time %alloc
MAIN MAIN 58 0 0.0 0.0 100.0 100.0
main Main 117 0 0.0 0.0 100.0 100.0
main.randomList Main 147 1 62.0 55.5 62.0 55.5
main.arr Main 142 1 0.0 0.0 0.0 0.0
streamToAssocList Main 143 1 0.0 0.0 0.0 0.0
streamToAssocList.go Main 146 5 0.0 0.0 0.0 0.0
main.pairList Main 137 1 0.0 0.0 9.5 16.5
consPairStream Main 138 1 0.7 0.9 9.5 16.5
consPairStream.ys Main 140 1 4.3 7.8 4.3 7.8
consPairStream.xs Main 139 1 4.5 7.8 4.5 7.8
main.initConfig Main 122 1 0.0 0.0 0.0 0.0
logLikelihood Main 163 0 0.0 0.0 0.0 0.0
logPrior Main 161 5 0.0 0.0 0.0 0.0
main.sim Main 118 1 1.0 2.2 28.6 28.1
simKernel Main 120 0 4.8 5.1 27.6 25.8
मुझे यकीन है कि कैसे वास्तव में इस व्याख्या करने के लिए नहीं कर रहा हूँ, लेकिन यादृच्छिक युगल के आलसी धारा, randomList, मुझे wince बना देता है। मुझे नहीं पता कि यह कैसे सुधार किया जा सकता है।
मैं System.Random.MWC जनरेटर पर स्विच किया और देखा होगा प्रदर्शन में एक त्वरित बढ़ावा। मुझे अभी भी रनटाइम पर + आरटीएस-के 100 एम का उपयोग करना है, हालांकि, मुझे लगता है कि एक बड़ा हिस्सा अभी भी कहीं भी बना रहा है। कोड का एक अपडेटेड स्नैपशॉट यहां है: http://hpaste.org/68532, और एक बेहतर ढेर प्रोफ़ाइल यहां है: http://i.imgur.com/YzoNE.png। – jtobin
मुझे लगता है कि आप 'ghc -O2' का भी उपयोग कर रहे हैं? –
दाएं; 'ghc --make -O2 blah.hs -fllvm -funbox-hard-field -rtsopts' के साथ संकलित। – jtobin